Introduction à Perl pour la bioinformatique / Tisdall, James

Public ISBD Titre : Introduction à Perl pour la bioinformatique Type de document : texte imprimé Auteurs : Tisdall, James, Auteur Editeur : O'Reilly Année de publication : 2002 Importance : 382 p. Format : 24 cm. ISBN/ISSN/EAN : 978-2-84177-206-3 Langues : Français (fre) Langues originales : Français (ancien) (fro) Index. décimale : 004 Traitement de données. Informatique Résumé : Résumé Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie. Sommaire Préface 1. Biologie et informatique Organisation de l'ADN Organisation des protéines In Silico Limites du calcul 2. Premiers pas en Perl Une courbe d'apprentissage basse et longue Avantages de Perl Installation de Perl sur votre ordinateur Comment exécuter des programmes ? Editeurs de texte Obtenir de l'aide 3. L'art de la programmation Différentes approches pour la programmation Edition-exécution-modification (et sauvegarde) Sauvegardes Messages d'erreur Débogage Un vivier de programmes Les programmes libres (open source) Stratégies de programmation Le processus de la programmation 4. Séquences et chaînes de caractères Représentation de données de séquences Un programme pour stocker une séquence d'ADN Concaténation de fragments d'ADN Transcription : ADN en ARN Utilisation de la documentation Perl Calcul du complément inverse d'un brin d'ADN en Perl Protéines, fichiers et tableaux Contexte scalaire et contexte de liste Exercices 5. Motifs et boucles Contrôle du flux du programme Format du code Recherche de motifs Comptage des nucléotides Séparation d'une chaîne de caractères en un tableau Manipulation de chaînes de caractères Ecriture dans des fichiers Exercices 6. Sous-programmes et débogage Sous-programmes Portée et sous-programmes Arguments de la ligne de commande et tableaux Transmission de données aux sous-programmes Modules et bibliothèques de sous-programmes Correction des bogues Exercices 7. Mutations et nombres aléatoires Générateurs de nombres aléatoires Un programme qui utilise les nombres aléatoires Un programme pour simuler les mutations dans les séquences d'ADN Générer une séquence d'ADN aléatoire Analyse d'une séquence d'ADN Exercices 8. Le code génétique Hachages Structures de données et algorithmes pour la biologie Le code génétique Traduire de l'ADN en protéines Lire des séquences d'ADN contenues dans des fichiers au format FASTA Cadres de lecture Exercices 9. Cartes de restriction et expressions régulières Les expressions régulières Opérations Perl Exercices 10. GenBank Les fichiers GenBank Séparer la séquence des annotations Filtrer les annotations Indexer GenBank avec DBM Exercices 11. Protein Data Bank Vue d'ensemble de la PDB Fichiers et répertoires Fichiers de la PDB Filtrer les fichiers de la PDB Contrôler d'autres programmes Exercices 12. BLAST Obtenir BLAST Recherche de motifs et homologie Les fichiers de sortie de BLAST Filtrer les sorties BLAST Présenter les données Bioperl Exercices 13. Aspects avancés du langage Perl Quelques pistes pour aller plus loin Annexe A : Ressources Annexe B : Résumé Perl Index Introduction à Perl pour la bioinformatique [texte imprimé] / Tisdall, James, Auteur . - O'Reilly, 2002 . - 382 p. ; 24 cm. ISBN : 978-2-84177-206-3 Langues : Français (fre) Langues originales : Français (ancien) (fro) Index. décimale : 004 Traitement de données. Informatique Résumé : Résumé Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie. Sommaire Préface 1. Biologie et informatique Organisation de l'ADN Organisation des protéines In Silico Limites du calcul 2. Premiers pas en Perl Une courbe d'apprentissage basse et longue Avantages de Perl Installation de Perl sur votre ordinateur Comment exécuter des programmes ? Editeurs de texte Obtenir de l'aide 3. L'art de la programmation Différentes approches pour la programmation Edition-exécution-modification (et sauvegarde) Sauvegardes Messages d'erreur Débogage Un vivier de programmes Les programmes libres (open source) Stratégies de programmation Le processus de la programmation 4. Séquences et chaînes de caractères Représentation de données de séquences Un programme pour stocker une séquence d'ADN Concaténation de fragments d'ADN Transcription : ADN en ARN Utilisation de la documentation Perl Calcul du complément inverse d'un brin d'ADN en Perl Protéines, fichiers et tableaux Contexte scalaire et contexte de liste Exercices 5. Motifs et boucles Contrôle du flux du programme Format du code Recherche de motifs Comptage des nucléotides Séparation d'une chaîne de caractères en un tableau Manipulation de chaînes de caractères Ecriture dans des fichiers Exercices 6. Sous-programmes et débogage Sous-programmes Portée et sous-programmes Arguments de la ligne de commande et tableaux Transmission de données aux sous-programmes Modules et bibliothèques de sous-programmes Correction des bogues Exercices 7. Mutations et nombres aléatoires Générateurs de nombres aléatoires Un programme qui utilise les nombres aléatoires Un programme pour simuler les mutations dans les séquences d'ADN Générer une séquence d'ADN aléatoire Analyse d'une séquence d'ADN Exercices 8. Le code génétique Hachages Structures de données et algorithmes pour la biologie Le code génétique Traduire de l'ADN en protéines Lire des séquences d'ADN contenues dans des fichiers au format FASTA Cadres de lecture Exercices 9. Cartes de restriction et expressions régulières Les expressions régulières Opérations Perl Exercices 10. GenBank Les fichiers GenBank Séparer la séquence des annotations Filtrer les annotations Indexer GenBank avec DBM Exercices 11. Protein Data Bank Vue d'ensemble de la PDB Fichiers et répertoires Fichiers de la PDB Filtrer les fichiers de la PDB Contrôler d'autres programmes Exercices 12. BLAST Obtenir BLAST Recherche de motifs et homologie Les fichiers de sortie de BLAST Filtrer les sorties BLAST Présenter les données Bioperl Exercices 13. Aspects avancés du langage Perl Quelques pistes pour aller plus loin Annexe A : Ressources Annexe B : Résumé Perl Index

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